Consiliul Instituției publice „Agenția de Guvernare Electronică” este organul colegial superior al Agenției, care conduce și supraveghează funcționarea acesteia și adoptă decizii.
Printre atribuțiile Consiliului se numeră: adoptarea deciziilor și supravegherea activității Agenției, examinarea și aprobarea situațiilor financiare, contractarea creditelor pentru asigurarea activității Agenției, precum și examinarea și aprobarea bugetului anual al Agenției etc.
Componenţa nominală și numărul membrilor Consiliului se stabilesc prin ordin al secretarului general al Guvernului. Numărul membrilor nu poate fi mai mic de 5 şi nici mai mare de 7 persoane. Angajații Agenției nu pot fi membri ai Consiliului. Activitatea în calitate de membru al Consiliului Agenției nu se remunerează.
Statutul instituției - Hotarârea Guvernului nr. 760 cu privire la I. P. ”Agenția de Guvernare Electronică”
- Ana CALINICI, Secretar de Stat al Guvernului
- Dumitru ALAIBA, Viceprim-ministru, Ministrul Dezvoltării Economice și Digitalizării
- Cătălina PLINSCHI, Secretară de Stat, Ministerul Dezvoltării Economice și Digitalizării
- Serghei DIACONU, Șef al Cabinetului Prim-ministrului